Университет, ставший первым высшим мусульманским учебным заведением ислама в России и подготовивший более тысячи имам-хатыбов для приходов в мусульманских общинах по всей России и на территории стран СНГ, на протяжении всей своей истории неразрывно связан с наукой. Специфика научных исследований, проводимых в университете, отражена в поиске путей внедрения и актуализации исламской нравственности в духовных образовательных организациях. Особое место среди научных исследований занимает реализация Федеральной целевой программы подготовки специалистов с углубленным знанием истории и культуры ислама, реализация которой будет способствовать повышению научно-методического уровня преподавателей университета и выведет исламское образование на качественно более высокий уровень.
За время существования университета трудом его профессорско-преподавательского состава и сотрудников было подготовлено 30 учебных пособий, 7 монографий, 8 хрестоматий, свыше 200 научных статей. Преподаватели, сотрудники и студенты университета объединяют свои научные искания во время семинаров, конференций и форумов, проводимых в стенах вуза. Ежегодно проводится 2 масштабные конференции: «Идеалы и ценности ислама в образовательном пространстве XXI века», «Камалийские чтения» и регулярные и нерегулярные научно-практические, научно-методические семинары.
Также перед университетом стоит задача повышения качества издательской деятельности Научного управления.
Продуктивная научно-исследовательская деятельность, в которую вовлечены университетские преподаватели и студенты, формирует особый тип мышления и качества личности.
 
Направления научной деятельности преподавателей РИУ ЦДУМ России:

Главное научное направление университета – исламская нравственность в духовных образовательных организациях, в рамках которого университет развивает свои научные идеи по следующим направлениям:
1. Богословское наследие мусульман России и актуальные проблемы мусульманского общества Урало-Поволжья;
2. Актуальные вопросы богословия в мусульманской среде Урало-Поволжья;
3. Исламское право по отраслям и методология исламского права;
4. Иностранные языки и методология преподавания иностранных языков в духовных образовательных организациях;
5. Образование в духовных образовательных организациях.